Also ich habe jetzt gerade mal die Strecke Muenchen -> Stuttgart mit dem Flixbus nachgeschaut: Mitten in der Nacht gibts das fuer 20 Euro, sonst zwischen 25 und 35 Euro. Wenn man auch wieder zurueck will ist man also insgesamt schon bei 40 - 70 Euro. Allerdings kommt man in Stuttgart auch nicht in der Stadt an, sondern am Flughafen. Man braucht also dann zwangsweise noch ein Nahverkehrsticket, um in die Stadt zu kommen. Damit ist das 49 Euro Ticket vermutlich guenstiger, selbst wenn man es nicht sowieso schon fuers Pendeln hat.

Der Flixbus + Nahverkehr zum Hbf in Stuttgart ist bei idealer Anschlussverbindung etwa 30 Minuten schneller als eine Verbindung mit Regionalzuegen mit einem Umstieg. Ich sehe da wirklich keinen grossen Vorteil vom Fernbus, im Gegenteil.

EDIT:

Da die Preise oben fuer eine Fahrt noch heute waren und last-minute tendenziell immer teurer ist habe ich stattdessen mal noch nach einer Verbindung am 28. Oktober (ein Samstag in 3 Monaten) geschaut. Samstag deswegen, weil unter der Woche meiner Erfahrung nach die Bahn eher wenig ausgelastet ist und daher die Preise besonders guenstig sind. Und vermutlich ist es auch realistischer, am Wochenende irgendwo hin zu fahren als z.B. an einem Mittwoch.

Flixbus hat die guenstigste Verbindung fuer 13.99 Euro, also schon deutlich guenstiger als wenn man kurzfristig fahren will. Das zusaetzlich notwendige Ticket vom Stuttgarter Flughafen zum Hauptbahnhof kostet 3.70 Euro. Insgesamt also 17.69 Euro fuer eine Richtung. Und man braucht fuer die schnellste Verbindung mit dem Flixbus (die einen Euro mehr kostet) mindestens 3h.

Am selben Tag kann man auch jetzt schon Ticket fuer den ICE buchen. Die guenstigsten Verbindungen kosten 14.90 Euro und man faehrt knapp 2h.

Und das Szenario von einer Landeshauptstadt zur anderen zu fahren sollte den Flixbus auch zusaetzlich bevorteilen, weil das die Verbindungen sind, die ueberhaupt bedient werden. Wenn man beispielsweise von Moosburg nach Horb fahren will muss man egal ob mit ICE oder mit Flixbus immer noch mit dem Regio fahren und mit dem Flixbus dann sogar noch ein mal mehr Umsteigen als wenn man nur Bahn faehrt, da der Regio von Moosburg nicht am Muenchner ZOB haelt.