En mode graphique pour l'instant je n'ai rien trouvé de mieux que Obsidian.

Pour le mode ligne de commande:

• ZK

A plain text note-taking assistant

• NB que j'ai découvert récemment grâce à linuxfr: prise-de-notes-a-la-volee-dans-le-shell .

nb is a command line and local web note‑taking, bookmarking, archiving, and knowledge base application with

Par contre je suis vraiment pas fan des [[wiki-style linking]].
Notes: tous ces outils se basent uniquement sur des fichiers plats.